مساعدات انسانية برا الى الشعب العراقي الشقيق اثر تعرضه للاحتلال عام 2003 -ارسال محطة جراحية الى مدينة الفالوجة. -استقبال للاجئين العراقين ومن جنسيات مختلفة في مخيمي اللجوء واحد في المنطقة المحايدة والآخر في منطقة الرويشد في الاراضي الاردنية 2003-2007
وعلى اثر احتلال العراق في عام 2003 تولت الهيئة إرسال مواد الإغاثة المختلفة والمتنوعة من الأدوية والمواد الغذائية والمستلزمات الطبية والخيام والبطانيات ومولدات الكهرباء ومهمات لذوي الاحتياجات الخاصة بحمولة قدرت6647 طن حملت على متن 391 شاحنة وتم إرسال مستشفى ميداني أردني إلى مدينة الفلوجة في العراق و ساهمت الهيئة بتزويده بالأدوية والمستلزمات الطبية والأجهزة الطبية وعيادة أسنان كاملة , ونتيجة للحرب على العراق واحتلاله تدفق اللاجئين العراقيين ولاجئين من جنسيات اخرى مختلفة قامت الهيئة بانشاء وادارة مخيمين واحد في منطقة الرويشد في الاراضي الاردنية والآخر في المنطقة العازلة مابين الحدود الاردنية العراقية وذلك بالتعاون مع المفوضية العليا لشؤون اللاجئين حيث كانت الهيئة تقوم بتزويد المخيمين بالمواد التموينية والاغاثية اللازمة . وبتاريخ 5/11/2007 اغلق ميخم الرويشد في الاراضي الاردنية بعد 4 سنوات من بدء الحرب على العراق.وكان مخيم الكرامة في المنطقة العازلة قد اغلق في وقت سابق وتم ترحيل اللاجئين فيه الى مخيم الرويشد حيث تم دمج المخيمين.